藏醫對于人生病的原因，有自己獨特的看法。

從哲學角度來說，藏醫認為，人身有三毒，即貪、嗔、癡。這三毒會分別導致人體內隆（類似中醫的氣）、赤巴（類似中醫的火）、培根（人體水液的機能）增多，進而誘發多種疾病。

比如說，培根增多，就會引發寒性疾病。培根的本性是涼而重，向液體一樣，是趨下的，所以，培根增多引發的疾病多聚集在下部，表現為身體懶沉，畏寒怕冷。赤巴增多，則會引發熱性疾病。因為赤巴的屬性與火類似，火趨上，那么由赤巴增多引發的疾病就聚集在身體的上部。

培根增多引發的疾病多發生在冬季，正是氣溫比較低的時候，赤巴引發的疾病多發生在夏季，正是氣溫比較高的時候。這與中醫天人和一的理論不謀而合。

藏藥將人體患病的種類分成404種，其中，由于隆、培根、赤巴不平衡引發的疾病就有101種，即隆病42種，赤巴26種，培根33種。

其他的病因，藏醫還歸咎于飲食不當，起居失調。另外，受宗教的影響，藏醫還認為，人世間有360種害人的精靈魔鬼，會導致人體發生種種疾病。